В первую очередь, необходимо понять, какие цели преследует этиологическая диагностика (выявление SARS-CoV-2 с помощью ПЦР или антигенных тестов):
- в клинической практике – для конкретного пациента,
- в оценке эпидемиологической ситуации на определенной территории с целью прогнозирования течения пандемии.
В клинической практике очень важно, чтобы использующийся метод тестирования правильно диагностировал все случаи инфекции, независимо от вызвавшего ее штамма. Определение штамма SARS-CoV-2 у конкретного пациента не имеет особенного клинического значения. Тактика ведения пациента практически не зависит от данной информации.
Для эпидемиологических целей выявление штаммов циркулирующего на территории возбудителя, наоборот, очень важно. Например, распространение более контагиозных штаммов ведет к усилению эпидемиологических мероприятий по профилактике заражения на данной территории. Распространение штаммов, «ускользающих» от ответа иммунной системы уже переболевших, может привести к резкому росту повторных заболеваний, соответственно потребуется усиление амбулаторного и стационарного звеньев здравоохранения.
Для диагностики с клинической целью чаще всего используется метод полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени, реже антигенные тесты. После изучения новых мутаций SARS-CoV-2, производители реагентов ПЦР, используемых в «Инвитро», указали следующую информацию: «…реагенты для выявления РНК SARS-CoV-2 детектируют участки генома вируса, не затронутые мутациями, характерными для Британского, Южноафриканского, Бразильского вариантов коронавируса. Эффективность выявления указанных вариантов вируса данными реагентами не снижена». Таким образом, в клинической диагностике уже известные мутации коронавируса не влияют на выявление РНК SARS-CoV-2 методом ПЦР.
Как мы уже отметили, эпидемиологическая диагностика преследует другие цели, поэтому этапы исследований отличаются от клинической практики. Сначала проводится сбор «ПЦР-положительных» образцов биологического материала от пациентов (например, проживающих на определенной территории) с последующим проведением секвенирования – исследования всей вирусной РНК с выявлением имеющихся в ней мутаций. Далее определяются наиболее распространенные штаммы коронавируса на данной территории, чтобы принять необходимые эпидемиологические решения.